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细胞&冷冻组织Cut&Tag

Cut&Tag是目前比较火的方法,实验流程上要比ChIP-seq简单快速一些,这得益于PA-Tn5酶的作用方式,避免了后续的单独建库,缩短了实验流程,但是想做好Cut&Tag还是需要注意一些实验细节的。Cut&Tag的实验小建议:1.ChIP级别的抗体不见得能直接用来做Cut&Tag,所以选取抗体时尽量选择文献报道的已经做过Cut&Tag的抗体2.目前比较成熟的还是组蛋白修饰的Cut&Tag,如果做转录因子还是建议测试抗体以及同时做ATAC(避免做出来的Cut&Tag的峰图是ATAC的峰图)3.如果做信号不高的Cut&Tag时可以用二抗,甚至是三抗进行孵育,增强信噪比。4.能做ChIP-seq还是建议优先做ChIP-seq,样本量受限时再去考虑做Cut&Tag。5.Cut&Tag目前成熟的样本类型还是细胞系。

目前Cut&Tag主要的样本类型还是细胞系,我司针对冷冻组织样本进行优化了buffer和实验流程,使Cut&Tag能在冷冻组织样本上进行后续的Cut&Tag实验,拓展了老师们的课题思路,欢迎各位老师联系宸谱生物体验Cut&Tag实验服务。

[1] Skene P J , Henikoff J G , Henikoff S . Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers[J]. Nature Protocols, 2018, 13(5):1006-1019.

[2] Kaya-Okur H S , Wu S J , Codomo C A , et al. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells[J]. Nature Communications, 2019, 10(1):1930.

[3] Kaya-Okur H S , Janssens D H , Henikoff J G , et al. Efficient low-cost chromatin profiling with CUT&Tag[J]. Nature Protocol, 2020.

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