单细胞测序最近几年挺火的,但是组织酶解消化有一个最大的问题,软组织还是比较好消化的,硬组织往往存在一个问题:就是很大的一个组织块一般消化下来的细胞数很少或者状态很差,另外呢还有一个因素就是目前大部分用于组织解离的酶还是胶原酶,因为这个酶对细胞的损伤相对较轻,但是有时候为了更好的解离会用混合酶,这时候往往会消化细胞膜上的信号天线(各种受体),在37℃体温条件下,细胞的信号天线被破坏了,体内的各种通路必然会被扰乱,这种影响到底有多大目前文献还是有争议的。单细胞核测序可以避免酶解组织的这两个缺陷,但是需要进行密度梯度离心或者流式分选进行纯核。
针对单细胞核测序的最大痛点:细胞核抽提纯化,宸谱生物花大力气在这块做了探索,开发了一套相对成熟的提核纯核的流程,欢迎各位老师进行合作。
[1] Wu H , Kirita Y , Donnelly E L , et al. Advantages of Single-Nucleus over Single-Cell RNA Sequencing of Adult Kidney: Rare Cell Types and Novel Cell States Revealed in Fibrosis[J]. Journal of the American Society of Nephrology : JASN, 2019, 30(1).
[2] Alexanian M , Przytycki P F , Micheletti R , et al. A transcriptional switch governs fibroblast activation in heart disease[J]. Nature, 2021, 595(7867):1-6.
[3] Slyper M , Porter C , Ashenberg O , et al. A single-cell and single-nucleus RNA-Seq toolbox for fresh and frozen human tumors[J]. Nature medicine, 2020, 26(5):792-802.
[4] Hu P , Fabyanic E , Kwon D Y , et al. Dissecting Cell-Type Composition and Activity-Dependent Transcriptional State in Mammalian Brains by Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq[J]. Molecular Cell, 2017, 68(5):1006.