您的位置:
> 产品详情页
单细胞核ATAC-seq

snATAC-seq目前也比较成熟了,snATAC-seq和snRNA-seq一样能做冷冻组织,也能避免解离过程的细胞群偏好和应激反应。并且两者在细胞群的类型上匹配性很高。并且可以通过生信的方法进行群映射。如果经费允许的话还是建议每个样本同时做snATAC-seq和snRNA-seq。如果经费首选那需要考虑需求来进行选择:如果课题方向偏向于细胞分群和marker基因鉴定建议选择snRNA-seq,如果课题偏向转录调控机制问题建议选择snATAC-seq。目前做snATAC方法有三种:1.最早的基于programmable microfluidics platform(Fluidigm)2.基于split思想的combinatorial indexing 3.10X Genomics商业平台。基于Fluidigm平台的成本太高,这个方法不建议去做。combinatorial indexing snATAC-seq成本上比较低,不需要购买额外的仪器,在单细胞比较强的实验室还是比较盛行的,但是并不太适合商业服务。论稳定性还是要属10X Genomics平台,缺点就是需要购买仪器,试剂贵。

宸谱生物具有优秀的组织处理能力,在冷冻样本的提核纯核做了大量的优化实验,平台是10X Genomics平台。欢迎各位老师联系我们进行合作。

[1] Hao Y ,  Hao S ,  Andersen-Nissen E , et al. Integrated analysis of multimodal single-cell data.  2020.

[2] Cusanovich D A ,  Reddington J P ,  Garfield D A , et al. The cis-regulatory dynamics of embryonic development at single-cell resolution[J]. Nature, 2018, 555(7697):538-542.

[3] Buenrostro J D ,  Wu B ,  Litzenburger U M , et al. Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation[J]. Nature, 2015, 523(7561):486-490.

[4] Lafave L M ,  Kartha V K ,  Ma S , et al. Epigenomic State Transitions Characterize Tumor Progression in Mouse Lung Adenocarcinoma[J]. Cancer Cell, 2020.

上海宸谱生物科技有限公司
公司电话:13917092545
公司邮箱:techsupport@chiaputech.com
公司地址:上海市松江区九泾路959号1幢232室
免责声明:本站部分资讯、图片来源于网络及网友投稿,如有侵权请及时联系客服,我们将尽快处理! Copyright © 2022上海宸谱生物科技有限公司
技术支持 反馈 统计